1. Los importes de las penalidades por demora se harán efectivos mediante deducción de los mismos en las certificaciones de obras o en los documentos de pago al contratista. En todo caso, la garantía responderá de la efectividad de aquéllas, de acuerdo con lo establecido en el artículo 43.2, párrafo a), de la Ley.
2. La aplicación y el pago de estas penalidades no excluye la indemnización a que la Administración pueda tener derecho por daños y perjuicios ocasionados con motivo del retraso imputable al contratista.